Het beheer van de Knippenbergprijs is opgedragen aan een werkgroep, gevormd door de stichting Brabants Heem. Het begon ooit als een stichting van Brabants Heem, Erfgoed Brabant, Leerstoel Cultuur in Brabant en de Historische Vereniging Brabant. Sinds enkele jarenn is het een prijs die uitsluitend door Brabants Heem wordt georganiseerd en uitgereikt.
De werkrgoep van Brabants Heem stelt tweejaarlijks de criteria vast waaraan de toe te kennen prijs moet voldoen. Daarnaast stelt zij een jury aan die de ingezonden voordrachten moet gaan beoordelen. De werkgroep kan ook zelf voordrachten doen. De jury is onafhankelijk in haar beoordelingen.
De prijs, die bestaat uit een bronzen penning en een geldbedrag, wordt om de twee jaar uitgereikt op of rond 15 november, de geboortedag van Willy Knippenberg. Tijdens deze bijeenkomst worden alle genomineerde projecten gepresenteerd.
